《仙剑奇侠传五前传》的结局非常悲壮，是公认的仙剑系列中最虐心的结局之一，整个故事作为《仙剑奇侠传五》的前传，起到了承上启下的作用,填上了正传中许多的坑。

以下是结局的核心内容（含严重剧透）：

最终决战与夏侯瑾轩的结局

在最终战中，枯木（魔翳）企图利用缚魂玉打破神魔之井的封印，让人间与魔界连通，主角团力战不敌。 在危急关头，夏侯瑾轩为了保护天下苍生，也为了拯救被枯木附身的瑕，选择与枯木同归于尽，他抱着被枯木控制的瑕，两人一起坠入了悬崖（司云崖），在坠崖前，瑾轩对瑕说：“我会一直陪着你。” 战斗结束后，众人在崖底没有找到两人的尸体，只找到了瑾轩折断的武器“玄曜”和瑕的玉佩。

瑕的命运

瑕因为体内有缚魂玉，一直是枯木利用的棋子，在瑾轩坠崖后，人们以为瑕也死了，但在《仙剑五前传》的片尾彩蛋中，给出了一个开放式的希望结局： 多年后，在司云崖上，出现了一个吹奏笛子的人（背影），旁边站着一个女子，虽然没有明确露脸，但从配音和细节（笛子是瑾轩的，女子是瑕）可以确认，瑾轩和瑕并没有死，他们隐居了起来，这也解释了为什么在《仙剑五》中，夏侯瑾轩没有出场（因为他已经“假死”隐居了）。

龙溟与凌波的悲剧（支线结局）

在结局之前，龙溟为了拯救魔族，前往神降秘境夺取水灵珠，被守护者重伤，他撑着最后一口气把水灵珠和幽檀凝心佩交给了凌波，随后死在凌波怀中，凌波为了守护龙溟的承诺，被蜀山弟子发现后打成重伤，最终在蜀山禁洞中化为一缕幽魂，等待了二十年（直到《仙剑五》中遇到姜云凡等人）,这对CP的结局是全剧最惨烈的悲剧之一。

谢沧行的牺牲

谢沧行（罡斩）在蜀山为了阻止姜世离（当时还是净天教教主）破坏神魔之井，以兵解（牺牲自己）的方式加固了封印，并重创了魔翳的肉身，他的死是主角团最大的损失之一，也直接导致了《仙剑五》中姜世离被封印二十年的局面。

其他角色的结局

• 暮菖兰：在瑾轩坠崖后，她独自一人回到了故乡，守护着村子，在片尾动画中，她每年都会去司云崖祭拜瑾轩和瑕，直到多年后看到了两人“复活”的背影。
• 皇甫卓：回到皇甫家，承担起家族重任，后来成为了《仙剑五》中那个稳重、正直的皇甫世家家主。
• 结萝（毒影）：回到了苗疆，后来成为了《仙剑五》中的毒影,与姜世离的净天教有关联。
• 厉岩（血手）：与结萝一起离开,后来成为净天教的血手。

《仙剑五前传》的结局是一个“全员悲剧，唯留希望”的结局，虽然主线中瑾轩和瑕生死未卜（实际隐居），龙溟和凌波阴阳两隔，谢沧行兵解牺牲，但片尾彩蛋给了玩家一丝安慰，整个故事完美地衔接了《仙剑五》的剧情,让玩家明白了正传中许多角色的执念与过往。